Ao longo dos anos, o PPGEISU tem recebido bolsas de estudos para os estudantes, das seguintes instituições: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB). Essas bolsas são distribuídas conforme a legislação nacional e a Resolução de Bolsas do Programa, que contempla as políticas afirmativas, o programa de cotas e a vulnerabilidade socioeconômica. Há também bolsas de iniciação científica, através das quais alunos de graduação se vinculam a projetos de pesquisa desenvolvidos pelos professores permanentes. Essas bolsas são financiadas pelo CNPq, FAPESB e UFBA. Além disso, a Pró-Reitoria de Assistência Estudantil da UFBA (PROAE) oferece recursos para a permanência, na universidade, de estudantes de graduação e pós graduação em situação de vulnerabilidade socioeconômica, através do acesso à residência e restaurantes universitários, creche, auxílio transporte, auxílio moradia e bolsas de apoio. Para tanto, é necessário fazer um cadastro através do site www.proae.ufba.br.
Alguns docentes permanentes do Programa recebem bolsa de Produtividade em Pesquisa pelo CNPq, através de edital. Alguns dos projetos de pesquisa dos docentes são financiados por diferentes agências de fomento, também através de editais. O PPGEISU tem contado com Bolsas de Pós-doutorado no Brasil e no Exterior, para a qualificação de seu corpo docente. Ademais, tem tido projeto de extensão financiado através de Edital Conjunto da Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação e Pró-Reitoria de Extensão da UFBA.
O PPGEISU recebe, anualmente, recursos do Programa de Apoio à Pós-graduação (PROAP), da CAPES, e no quadriênio 2021-2024 recebeu recursos da CAPES pelo Programa de Desenvolvimento da Pós-Graduação (PDPG) para Consolidação de Cursos Nota 3 e 4. Esses recursos financiam a participação de docentes e discentes em eventos nacionais e internacionais, bem como publicações. Apoio financeiro para a tradução e revisão de artigos é também dado pela própria UFBA, através de edital próprio. Apoios à participação em eventos e publicação também são ofertados por agências de fomento, a exemplo do CNPq e FAPESB, mediante editais. Informações sobre editais de financiamento podem ser acessadas através dos
sites www.capes.gov.br, www.cnpq.br e www.fapesb.ba.gov.br, dentre outros.